机构设置
研究院采用法人治理结构，实行领导小组领导下的院长负责制，设立专家咨询委员会、若干研究中心与管理服务部门。采用“领导小组→专家咨询委员会→研究中心与管理服务部门”的三级组织管理体制（如下图）。
云南循环农业产业研究院领导小组是研究院的最高决策机构，主要任务是拟定和修订单位章程，审定发展战略和年度建设计划，研究解决研究院发展中的重大问题，规划行业研究院建设布局。领导小组成员 9 名，设组长 1 名，由湖南农业大学推荐产生，副组长、成员及其下设的办公室成员均由普洱市人民政府、湖南农业大学推荐组成，每届任期 5 年，可连选连任。
领导小组
| 组长 | 陈光辉 | 湖南农业大学党委委员、副校长 |
| 副组长 | 李旭东 | 普洱市委常委、常务副市长 |
| 张智勇 | 普洱市委常委、副市长 | |
| 成员 | 朱华武 | 湖南农业大学乡村振兴中心主任 |
| 黄清一 | 普洱市人民政府副秘书长 | |
| 严亮 | 普洱市科学技术局局长 | |
| 欧立军 | 湖南农业大学园艺学院副院长 | |
| 李德亮 | 湖南农业大学动科院副院长 | |
| 唐圣果 | 云南循环农业产业研究院院长 |
| 领导小组办公室 | ||
| 主任 | 李毅 | 湖南业大学乡村振兴中心副主任 |
| 副主任 | 陈庆全 | 普洱市科学技术局副局长 |
院长
设院长 1 名，由湖南农业大学推荐任命， 交领导小组认定；设副院长若干名，由院长提名任命。
管理运行
研究院在领导小组的指导下，实行院长负责制，实施独立法人单位的日常管理和运行；行业专家咨询委员会实行研究院聘任制，内设研究中心和专业技术研究平台为服务平台，内设综合部、成果转化部等日常运行机构。
专家咨询委员会
由研发专家和地方行业专家组成。负责对研究院的研究方向、重点课题、引进人才等重要事项进行评估、咨询指导，提出行业科技创新重点和规划，指导研究院运营发展。
